Вопрос по linux, r, shell, unix – запуск r скриптов или команд с интерпретатором в unix для unix-layman

что вы сохраните свой скрипт в простом текстовом файле с именемso.R, вы можете запустить его под Linux / Unix, набравR по подсказке. Однажды в R введите

  source('so.R')

выполнить скрипт в среде R (предполагается, что файл so.R находится в том же каталоге, что и вы, когда вы вводите эту команду).

Чтобы запустить скрипт из командной строки Linux / Unix, используйте следующую команду:

  R CMD BATCH so.R

Обратите внимание, что я получил график, чтобы показать, когда запустил скрипт внутри R, но из командной строки Linux он не отображается. Я подозреваю, что он быстро отображается, а затем исчезает, так что будет команда R, которую вы должны искать, чтобы она приостановилась после отображения графика.

как вы сформулировали свой вопрос, я догадываюсь, что вы, возможно, SSH подключили к Linux-машине? Или что вы установили Ubuntu, например, на свой обычный ноутбук / ПК.

Предполагая, что это второй случай: откройте терминал и введитеsudo apt-get install r-base, Затем введитеR, Затем введите

X <- 1:10
Y <- 21:30
plot(X, Y)
myfun <- function (x){
              x1 <- x^0.2
              return (x1)
             }
myfun(X)

Так как ваш вопрос оunix противlinux скорее, чемRВы также можете попробоватьhttp://unix.stackexchange.com, Существует много сказать о различиях между Linux и Unix, но все, что вам, вероятно, нужно знать, это:скачать Ubuntu, запишите его на диск, затем перезагрузите компьютер с диском в вашем дисководе.

Надеюсь это поможет.

арии оболочки. И то и другое примеры также будут определять функции без их выполнения, если сценарии загружается в интерактивный R-сеанс с помощью функции source ().

Первый пример позволяет вам давать аргументы так же, как и любой другой оболочке. сценарий, но не будет передавать дополнительные R-опции R (потому что Rscript дает & Quot; - арг & Quot; R в качестве одного из аргументов).

Второй пример позволяет вам дать дополнительные R-опции, но генерирует (безвредные) предупреждающие сообщения, если вы не указали & quot; - args & quot; как один из сценария аргументы. Эту версию лучше избегать, если у вас нет особых требований.

Прототип-Rscript.r

#!/usr/bin/env Rscript
# Prototype R script for use at command line in Linux, Mac OS X, UNIX

# References:
#   Manual "A Introduction to R", available via help.start() from the R Console
#   Appendix "B.1 Invoking R from the command line" in "A Inroduction to R",

showArguments <- function(argv)  {
    print(argv)
    0
}

if ( ! interactive() )  {
    # set some error return codes
    SCRIPT_ERROR <- 10                      # see documentation for quit()
    SCRIPT_ARG_ERROR <- SCRIPT_ERROR + 1

    # Define ARGV as script path concatenated to script arguments
    ARGV <- commandArgs(FALSE)          # start with all the arguments given to R
    scriptPath <- sub("^--file=", "", grep("^--file=", ARGV, value=TRUE)) [[1]]
    ARGV <- c(scriptPath, commandArgs(TRUE))

    if (length(ARGV) < 2)   {
        cat(file=stderr(), sep="",
            "Usage: ", ARGV[[1]], " [ options ] item ...\n",
            "       Do something with item\n",
            "       See script for details\n")
        quit(save="no", status=SCRIPT_ARG_ERROR)
    }
    quit(save="no", status=showArguments(ARGV))
}

Прототип-shellscript.r

#!/usr/bin/env R --slave --vanilla --quiet -f
# Prototype R script for use at command line in Linux, Mac OS X, UNIX

# References:
#   Manual "A Introduction to R", available via help.start() from the R Console
#   Appendix "B.1 Invoking R from the command line" in "A Inroduction to R",

showArguments <- function(argv)  {
    print(argv)
    0
}

if ( ! interactive() )  {
    # set some error return codes
    SCRIPT_ERROR <- 10                      # see documentation for quit()
    SCRIPT_ARG_ERROR <- SCRIPT_ERROR + 1

    # Define ARGV as the arguments given to this script (after argument “-f”)
    ARGV <- commandArgs(FALSE)          # start with all the arguments given to R
    ARGV <- ARGV[(grep("-f", ARGV) [[1]] + 1):length(ARGV)]
    if ( any(grepl("--args", ARGV) ))   {   # remove arguments intended only for R
        ARGV <- c(ARGV[[1]], commandArgs(TRUE))
    }

    if (length(ARGV) < 2)   {
        cat(file=stderr(), sep="",
            "Usage: ", ARGV[[1]], " [ R_options ] --args [ options ] item ...\n",
            "       Do something with item\n",
            "       See script for details\n")
        quit(save="no", status=SCRIPT_ARG_ERROR)
    }
    quit(save="no", status=showArguments(ARGV))
}

тогда решение может быть просто -r:

http://code.google.com/p/simple-r/

Он специально разработан для простого статистического анализа в составе командной строки Linux. Например, если кто-то хочет построить некоторые данные, '-p data.txt' сделаю работу; для получения коэффициента корреляции: «r cor data.txt»; будет достаточно.