Как конвертировать R Markdown в HTML? Т.е. что делает «Вязать HTML» в Rstudio 0.96?

What commands are run when pressing "Knit HTML" on an R Markdown file in Rstudio 0.96?

Моя мотивация заключается в том, что я, возможно, захочу выполнить ту же команду, когда я нахожусь в другой среде редактирования текста, или мне может потребоваться объединить команду в более крупнуюmakefile.

Ответы на вопрос(4)

Sys.sleep(30) в чанке, и вы будете ясно видеть, какие команды вызываются RStudio. В основном они

library(knitr); knit() to get the markdown file; RStudio has internal functions to convert markdown to HTML;

Второй шаг будет более прозрачным в следующей версииmarkdown пакет. В настоящее время вы можете использоватьknitr::knit2html('your_file.Rmd') чтобы получить тот же HTML-файл, который дает вам RStudio.

вязать в скорлупе:

R -e "rmarkdown::render('knitr_example.Rmd')"

Это требуетrmarkdown быть установленным сinstall.packages(rmarkdown) и этоpandoc установлен (видимо, поставляется с Rstudio, см.вязать в скорлупе Больше подробностей).

До сих пор, когда я использовал это, он красиво помещал все графики в HTML-файл, а не как изображения в каталоге рисунков, и очищал любые промежуточные файлы, если они есть; так же, как компиляция в RStudio.

Basic Script

рmarkdown package has been releasedВот некоторый код для репликации функций Knit в Html.

require(knitr) # required for knitting from rmd to md
require(markdown) # required for md to html 
knit('test.rmd', 'test.md') # creates md file
markdownToHTML('test.md', 'test.html') # creates html file
browseURL(paste('file://', file.path(getwd(),'test.html'), sep='')) # open file in browser 

гдеtest.rmd это имя вашего файла R уценки. Обратите внимание, что я не уверен на 100% в отношении строки browseURL (поэтому мой вопрос здесьоткрытие файлов в веб-браузере).

markdownToHTML Options

Хорошая вещь оmarkdownToHTML в том, что есть множество вариантов того, как создается HTML (см.?markdownHTMLOptions). Так, например, если вы хотите просто фрагмент кода без всей информации заголовка, вы можете написать:

markdownToHTML('test.md', 'test.html', options='fragment_only')

или если вам не нравится жесткая переноска (то есть вставка разрывов строк, когда в источнике уценки есть одиночные разрывы строк вручную), вы можете пропустить 'a_ hard_wrap & apos; вариант.

# The default options are 'hard_wrap', 'use_xhtml', 
#      'smartypants', and 'base64_images'.
markdownToHTML('test.md', 'test.html', 
       options=c('use_xhtml', 'base64_images'))
Makefile

Это также может быть добавлено в make-файл, возможно, с использованиемRscript -e (например.,что-то вроде этого). Вот основной пример файла сборки, который я собрал, гдеtest указывает, что файл rmd называетсяtest.rmd.

RMDFILE=test

html :
    Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$(RMDFILE).rmd', '$(RMDFILE).md'); markdownToHTML('$(RMDFILE).md', '$(RMDFILE).html', options=c('use_xhtml', 'base64_images')); browseURL(paste('file://', file.path(getwd(),'$(RMDFILE).html'), sep=''))"

Makefile использует мои предпочтительные параметры уценки:options=c('use_xhtml', 'base64_images')

: render () вместо knitr :: knit2html (), потому что a.rmd выглядит как документ R Markdown v2.

ВАШ ОТВЕТ НА ВОПРОС